Article Brapci-Revistas

Ontologias biomédicas: uma abordagem prática

Biomedical ontologies: a Practical Approach

Fernanda Farinelli

This article contributes to the introduction to the study of ontology, an interdisciplinary research field, which, in the context of information systems, has contributed to the modeling and development of intelligent systems. It is a research theme in several areas, such as Computer Science, Information Science, Philosophy, Artificial Intelligence, Linguistics, Knowledge Management, to name a few. It is also applied in various fields of knowledge, in particular, in Biomedicine. In addition to scientific research, we observed that it is also necessary to disseminate and popularize the ontology practices in Brazil, and then the approach here is pragmatic. We discuss real ontology initiatives and applications in Biomedicine, a domain in which ontological artifacts have been successfully applied for at least 20 years.@en

o presente artigo se colabora com a introdução ao estudo da ontologia, um campo de pesquisa interdisciplinar, que nos contexto dos sistemas de informação tem contribuições para a modelagem e o desenvolvimento de sistemas inteligentes. Trata-se de um tema em várias aras de pesquisa, como Ciência da Computação, Ciência da Informação, Filosofia, Inteligência Artificial, Linguística, Gestão do Conhecimento, para citar alguns. Também é aplicada em vários domínios do conhecimento, em particular, com sucesso, em Biomedicina. Além da pesquisa científica, observa-se que é preciso também disseminar e popularizar essas práticas no Brasil, de forma que a abordagem aqui é de caráter pragmático. Discorre sobre iniciativas e aplicações reais de ontologias em Biomedicina, um domínio em que artefatos ontológicos são aplicados há pelo menos 20 anos com sucesso.@pt

References

  • ALMEIDA, M. B. Noções Básicas para uso do Protégé. Online, Tutorial, 09/07/2006. Disponível em: . Acesso em: 16/04/2019. ANTONIOU, G.., HARMELEN, F. V. Web Ontology Language: OWL. In: STAAB, S..,STUDER, R. Handbook on Ontologies. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2009. p. 91-110.
  • ARP, R.., SMITH, B.., SPEAR, A. D. Building Ontologies with Basic Formal Ontology. 1ª edição. Cambridge, Massachusetts: The Mit Press, 2015. p. 220. Disponível em: http://robot.obolibrary.org/report
  • BEZERRA, C.., FREITAS, F.., SANTANA, F. Evaluating ontologies with competency questions. International Joint Conferences on Web Intelligence (WI) and Intelligent Agent Technologies (IAT), 2013, Atlanta, GA, USA. IEEE, 3, November 17-20. p.284-285.
  • BLOMQVIST, E.., SANDKUHL, K. Patterns in Ontology Engineering: Classification of Ontology Patterns. 7th International Conference on Enterprise Information Systems, 2005, Miami, Florida, USA. 2005. p.413-416.
  • BODENREIDER, O. Biomedical ontologies in action: role in knowledge management, data integration and decision support. Yearbook of medical informatics, p. 67–79, 2008.
  • BODENREIDER, O.., BURGUN, A. Biomedical ontologies. In. Medical InformaticsEdição: Springer, 2005. p. 211-236.
  • COTA, G. Best Practices for Implementing FAIR Vocabularies and Ontologies on the Web. Applications and Practices in: Ontology Design Extraction, and Reasoning, v. 49, p. 39, 2020.
  • COURTOT, M. et al. MIREOT: The minimum information to reference an external ontology term. Applied ontology, v. 6, n. 1, p. 23-33, 2011.
  • DE NICOLA, A.., MISSIKOFF, M.., NAVIGLI, R. A proposal for a unified process for ontology building: UPON. In: K.V., A..,J., D..,R., W., Database and Expert Systems Applications. DEXA 2005, 2005, Springer, Berlin, Heidelberg, 3588. p.655-664.
  • FALBO, R. A. SABiO: Systematic Approach for Building Ontologies. In: GUIZZARDI, G. et al., ONTO-COM-ODISE 2014- Ontologies in Conceptual Modeling and Information Systems Engineering, 2014, Rio de Janeiro, Brazil. CEUR Workshop Proceedings, v. 1301, September 21.
  • FARINELLI, F. Improving semantic interoperability in the obstetric and neonatal domain through an approach based on ontological realism 2017. 256 Doctoral (Doctor in Information Science). School of Information Science Federal University of Minas Gerais at Brazil, Belo Horizonte.
  • FARINELLI, F. Um diálogo entre o realismo ontológico e a engenharia de ontologias na construção de artefatos de representação. In: (Ed.). Representação do conhecimento, ontologias e linguagem: pesquisa aplicada em ciência da informação. 1. Curitiba, Brasil: Editora CRV, 2020. p.277-294.
  • FARINELLI, F.., ELKIN, P. L. Construção de ontologia na prática: um estudo de caso aplicado ao domínio obstétrico. Ciência da Informação, v. 46, n. 1, 2017.
  • FERNÁNDEZ-LÓPEZ, M.., GÓMEZ-PÉREZ, A.., JURISTO, N. Methontology: from ontological art towards ontological engineering. Proceedings of the Ontological Engineering AAAI-97 Spring Symposium Series, 1997, Stanford University, EEUU. American Asociation for Artificial Intelligence, 24-26 March.
  • GANGEMI, A. Ontology design patterns for semantic web content. In: GIL, Y. et al., 4th international conference on The Semantic Web - ISWC´05, 2005, Galway, Ireland. SpringerVerlag Berlin, November 06 - 10. p.262-276.
  • GANGEMI, A.., PRESUTTI, V. Ontology design patterns. In. Handbook on ontologiesEdição: Springer, 2009. p. 221-243.
  • GARIJO, D.., CORCHO, O.., POVEDA-VILLALÓN, M. FOOPS!: An Ontology Pitfall Scanner for the FAIR principles. In: SENEVIRATNE, O. et al., International Semantic Web Conference
  • (ISWC 2021), 2021, Virtual Conference. CEUR-WS.org, 2080, 2021..
  • GHAZVINIAN, A.., NOY, N. F.., MUSEN, M. A. How orthogonal are the OBO Foundry ontologies? Journal of Biomedical Semantics, v. 2, n. 2, p. S2, 2011.
  • GRÜNINGER, M.., FOX, M. S. Methodology for the Design and Evaluation of Ontologies. In: MELLISH, C. S., 14th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-95), 1995a, Montreal, CA. Morgan Kaufmann.
  • GRÜNINGER, M. The role of competency questions in enterprise engineering. In. Benchmarking— Theory and practiceEdição: Springer, 1995b. p. 22-31.
  • HUGO, W. et al. D2. 5 FAIR Semantics Recommendations Second Iteration. 2020.
  • JACKSON, R. C. et al. ROBOT: A Tool for Automating Ontology Workflows. BMC bioinformatics, v. 20, n. 1, p. 407, Jul 29 2019.
  • JACKSON, R. C. et al. OBO Foundry in 2021: Operationalizing Open Data Principles to Evaluate Ontologies. bioRxiv, p. 2021.2006.
  • KATSUMI, M.., GRÜNINGER, M. What is ontology reuse? In: KUHN, R. F. W., 9th International Conference on Formal Ontology in Information Systems, 2016, Annecy, France. IOS Press, 283, 2016. p.9-22.
  • MÉTAIS, E. et al. A Methodology for Biomedical Ontology Reuse. v. 9612, p. 3-14, 2016.
  • NOY, N. F. et al. Protege-2000: an open-source ontology-development and knowledgeacquisition environment. AMIA 2003 Symposium, 2003, 953, 2003. p.953. NOY, N. F.., MCGUINNESS, D. L. Ontology development 101: A guide to creating your first ontology: Stanford knowledge systems laboratory technical report KSL-01-05 and Stanford medical informatics technical report SMI-2001-0880 2001. Noy, N. F. et al. (2008) “BioPortal: A Web Repository for Biomedical Ontologies and Data Resources”. In: Joshi, C. B. A., 7th International Semantic Web Conference (ISWC2008), Karlsruhe, Germany. CEUR-WS.org.
  • ODPA, A. f. O. D. P. Ontology Design Pattern Catalogue. Ontology Design Patterns Portal, 2017.
  • OVERTON, J. A. et al. ROBOT: A command-line tool for ontology development. In: COUTO, F. M..,HASTINGS, J., International Conference on Biomedical Ontology - ICBO 2015, 2015, Lisboa, Portugal. ceur-ws.org, v. 1515, 2015.
  • POVEDA-VILLALÓN, M.., ESPINOZA-ARIAS, P.., GARIJO, D.., CORCHO, O. Coming to Terms with FAIR Ontologies. In: KEET, C. M..,DUMONTIER, M., Knowledge Engineering and Knowledge Management: 22nd International Conference (EKAW 2020), 2020, Bolzano, Italy. Springer Nature, September 16–20, 2020. p.255-270.
  • POVEDA-VILLALÓN, M.., SUÁREZ-FIGUEROA, M. C. OOPS!–OntOlogy Pitfalls Scanner! , 2012.
  • POVEDA-VILLALÓN, M.., SUÁREZ-FIGUEROA, M. C.., GÓMEZ-PÉREZ, A. Common pitfalls in ontology development. In. Current Topics in Artificial IntelligenceEdição: Springer, 2010a. p. 91-100.
  • POVEDA-VILLALÓN, M. A double classification of common pitfalls in ontologies. Workshop on Ontology Quality (OntoQual 2010), Co-located with EKAW 2010, 2010b, Lisbon, Portugal. 15th October. p.1-12.
  • SCHULZ, S. et al. Guideline on Developing Good Ontologies in the Biomedical Domain with Description Logics. December 11th, 2012, p.85. 2012
  • SMITH, B. et al. Basic Formal Ontology 2.0: Specification and User´s Guide. June 26th, 2015, p.97. 2015
  • SMITH, B. et al. The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration. Nature Biotechnology, v. 25, n. 11, p. 1251-1255.
  • SMITH, B.., BROCHHAUSEN, M. Putting biomedical ontologies to work. Methods of information in medicine, v. 49, n. 2, p. 135, 2010.
  • SMITH, B.., CEUSTERS, W. Ontological realism: A methodology for coordinated evolution of scientific ontologies. Applied ontology, v. 5, n. 3-4, p. 139-188, November 15th, 2010.
  • SMITH, B. et al. Relations in biomedical ontologies. Genome Biology, v. 6, n. 5, 2005.
  • SMITH, B.., GRENON, P. The Cornucopia of Formal-Ontological Relations. Dialectica, v. 58, n. 3, p. 279-296, 2004.
  • SOUZA, A. D. d. Sistematização do processo de criação de definições formais em ontologias biomédicas: uma investigação no domínio das leucemias mieloides agudas. 2015.
  • SOUZA, A. D. d.., ALMEIDA, M. B. d. Comunicação entre sistemas de informação médicos: princípios para elaborar definições. RDBCI: Revista Digital de Biblioteconomia e Ciência da Informação, v. 18, p. e020015-e020015, 2020.
  • SOUZA, A. D. d.., FARINELLI, F.., FELIPE, E. R. Formulação de definições utilizando o método Aristotélico. Fronteiras da Representação do Conhecimento, v. 1, n. 1, p. 73-93, 2021.
  • INTERNATIONAL ORGANIZATION FOR STANDARDIZATION. ISO/IEC PRF 21838-2.2: Information technology - Top-level ontologies (TLO) - Part 2: Basic Formal Ontology (BFO). p. 2020.
  • SUÁREZ-FIGUEROA, M. C. NeOn Methodology for building ontology networks: specification, scheduling and reuse. 2010. 268 (Doctoral thesis). Inteligência Artificial, Universidad Politécnica de Madrid, Madri.
  • WILKINSON, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data, v. 3, n. 1, p. 1-9, 2016.
  • XIANG, Z. et al. OntoFox: web-based support for ontology reuse. BMC research notes, v. 3, n. 1, p. 175, 2010. Xiang, Z. et al. (2011). “Ontobee: A Linked Data Server and Browser for Ontology Terms, Ontology”. 2nd International Conference on Biomedical Ontology (ICBO2011), Buffalo, NY, USA. CEUR-WS.org, 2011. p.279-281.
NLP0.29
Visto 19 vezes
sem referências
Array
(
    [dateOfAvailability] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [2021-12-27] => 169075
                        )

                )

        )

    [hasAuthor] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Fernanda Farinelli] => 20146
                        )

                )

        )

    [hasFileStorage] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [_repository/193960/2022/03/oai_periodicos_ufmg_br_article_37431#00099.pdf] => 194046
                        )

                )

        )

    [hasPageEnd] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [50] => 1979
                        )

                )

        )

    [hasPageStart] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [22] => 3600
                        )

                )

        )

    [hasSubject] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Ontologia] => 235984
                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [Modelagem] => 173342
                        )

                    [2] => Array
                        (
                            [Biomedicina] => 18559
                        )

                    [3] => Array
                        (
                            [Aplicação em ontologia] => 194031
                        )

                    [4] => Array
                        (
                            [Aplicações em ontologias] => 283000
                        )

                )

            [en] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Ontology] => 249054
                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [Modeling] => 173340
                        )

                    [2] => Array
                        (
                            [Biomedicine] => 75012
                        )

                    [3] => Array
                        (
                            [Applicatiom in ontologies] => 194032
                        )

                    [4] => Array
                        (
                            [Applications in ontologies] => 283001
                        )

                )

        )

    [hasSectionOf] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Resenha] => 6
                        )

                )

        )

    [wasPublicationInDate] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [2021-12-27] => 269439
                        )

                )

        )

    [hasLanguageExpression] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [en] => 232773
                        )

                )

        )

    [hasLicense] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Copyright (c)] => 232755
                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [CCBY4.0] => 232756
                        )

                )

        )

    [isPartOfSource] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Fronteiras da Representação do Conhecimento] => 193960
                        )

                )

        )

    [hasIssueOf] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [ISSUE:JNL:00099-2021-1-1] => 193961
                        )

                )

            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [ISSUE:JNL:99:2021-1-2] => 232259
                        )

                )

        )

    [hasAbstract] => Array
        (
            [en] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [This article contributes to the introduction to the study of ontology, an interdisciplinary research field, which, in the context of information systems, has contributed to the modeling and development of intelligent systems. It is a research theme in several areas, such as Computer Science, Information Science, Philosophy, Artificial Intelligence, Linguistics, Knowledge Management, to name a few. It is also applied in various fields of knowledge, in particular, in Biomedicine. In addition to scientific research, we observed that it is also necessary to disseminate and popularize the ontology practices in Brazil, and then the approach here is pragmatic. We discuss real ontology initiatives and applications in Biomedicine, a domain in which ontological artifacts have been successfully applied for at least 20 years.] => 0
                        )

                )

            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [o presente artigo se colabora com a introdução ao estudo da ontologia, um campo de pesquisa interdisciplinar, que nos contexto dos sistemas de informação tem contribuições para a modelagem e o desenvolvimento de sistemas inteligentes. Trata-se de um tema em várias aras de pesquisa, como Ciência da Computação, Ciência da Informação, Filosofia, Inteligência Artificial, Linguística, Gestão do Conhecimento, para citar alguns. Também é aplicada em vários domínios do conhecimento, em particular, com sucesso, em Biomedicina. Além da pesquisa científica, observa-se que é preciso também disseminar e popularizar essas práticas no Brasil, de forma que a abordagem aqui é de caráter pragmático. Discorre sobre iniciativas e aplicações reais de ontologias em Biomedicina, um domínio em que artefatos ontológicos são aplicados há pelo menos 20 anos com sucesso.] => 0
                        )

                )

        )

    [hasID] => Array
        (
            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [oai:periodicos.ufmg.br:article/37431] => 0
                        )

                )

        )

    [hasRegisterId] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [https://periodicos.ufmg.br/index.php/fronteiras-rc/article/view/37431] => 0
                        )

                )

        )

    [hasSource] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Fronteiras da Representação do Conhecimento; Vol. 1 No. 2 (2021): Fronteiras da Representação do Conhecimento; 22-50] => 0
                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [Fronteiras da Representação do Conhecimento; v. 1 n. 2 (2021): Fronteiras da Representação do Conhecimento; 22-50] => 0
                        )

                )

            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [2764-3743] => 0
                        )

                )

        )

    [hasTitle] => Array
        (
            [en] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Biomedical ontologies: a Practical Approach] => 0
                        )

                )

            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Ontologias biomédicas: uma abordagem prática] => 0
                        )

                )

        )

    [hasUrl] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [https://periodicos.ufmg.br/index.php/fronteiras-rc/article/view/37431/29325] => 0
                        )

                )

            [nn] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [https://periodicos.ufmg.br/index.php/fronteiras-rc/article/view/37431] => 0
                        )

                    [1] => Array
                        (
                            [https://periodicos.ufmg.br/index.php/fronteiras-rc/article/view/37431/29325] => 0
                        )

                )

        )

    [prefLabel] => Array
        (
            [pt] => Array
                (
                    [0] => Array
                        (
                            [Oai:periodicos.ufmg.br:article/37431#00099] => 0
                        )

                )

        )

)